Avant, alguma coisa "ruim" terás instalada, porque se já reparaste tu foste o único a reportar esse problema. Quando existem muitas queixas vindas do mesmo lado seria natural culpar-se o OS ou algum problema de hardware. Neste caso, parece-me que terás por aí alguma coisa que te anda a mexer com o sistema.
Só por 2 vezes tive problemas no Mac: no Mavericks o Pages algumas vezes fechou-se. Lembro-me que naquela altura tanto o Pages como o Numbers parece que sugavam ram a torto e direito, ao ponto de esgotar a ram e fechar as aplicações. Nunca cheguei a saber se era do SO (que entretanto estabilizou com actualizações), se era das próprias apps, que entretanto já foram actualizadas várias vezes.
O outro caso até falei dele aqui: o mac começou a lagar e a bloquear, coisa que nunca tinha visto desde que o comprei. Problema: f.lux.
Mal desinstalei o f.lux nunca mais isso aconteceu, já há mais de um ano.
Tive os betas do Sierra desde o 1 e nunca me aconteceu tal coisa, e ontem instalei a versão oficial. Tudo a 100%. Sinceramente acho que no geral o Yosemite teve umas gralhas a nível de iCloud/handoff/airdrop, etc, mas depois estabilizou lá mais para a frente. Não vi grandes problemas no El Capitan e até agora no Sierra também não, até porque desde o Yosemite que o SO não tem mudado muito. Acho que o grande "choque" foi do Mavericks para o Yosemite, onde as mudanças foram mais profundas.
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