Tens o backup automático para iCloud activado? Vê no separador "Sumário". Se estiver activado creio que o backup do em iTunes não grava as apps no disco do teu computador. Penso que tens que desactivar o backup do iCloud e só depois fazer o backup para iTunes. Acho eu... estou a falar de memória.
Já tentei tudo inclusivé o que dizes, nada resolve.
Malta dos Windows, alguém faz ideia/consegue encontrar o "botão" no iTunes para obrigá-lo a guardar as apps? Ai Apple Apple, isto é absurdo.. E mais absurdo se torna quando os tutoriais no próprio site da Apple ainda têm a versão antiga do iTunes e não servem para este