Sem colocar em causa as evidentes falhas de segurança que a plug-in flash tem sofrido, existem algumas opções disponibilizadas na generalidade dos browsers(Chrome, Opera, Firefox) que permitem minimizar(não evitam mas ajudam) um eventual uso de falhas de segurança por parte de terceiros.
Para além do nativo sandbox no Chrome e Opera, existe a possibilidade de permitir o uso de plug-ins só após aceitação(o chamado click to play) e em determinados blocos(ex: localização do player de video sem activar o banner de publicidade na mesma pagina). Plus, existem plug-ins de terceiros opensource(importante em termos de segurança e privacidade) como por exemplo o Ad Block Plus, que permite bloquear grande maioria de eventuais blocos de publicidade alojados em domínios duvidosos. Se desejarmos estender a JavaScript, existe também a plug-in opensource NoScript.
Com isto quis dizer que apesar da plataforma flash não mostrar a solidez necessária para muitos, é possível correr .swfs com relativa segurança tomando as devidas precauções.
Como tudo, se executarmos tudo o que nos aparece à frente, seja em que plataforma for, é natural que as coisas corram mal.
Uma das mais básicas regras de segurança é instalar apenas o que se necessita.
Quanto mais software instalado, maior a probabilidade de ver vulnerabilidades a
serem exploradas.
Portanto, o simples facto de ter lá o Flash instalado, já é um risco para a segurança.
Isto é, quem te garante que não tens uma vulnerabilidade no "click-to-play", por
exemplo?
Consequentemente, se consegues fazer teu o trabalho sem o Flash, não o deves ter
instalado. Para uma situação em que seja realmente imprescindível, mais vale ter
uma máquina virtual com o Flash para essas situações de excepção.
Mas sim, usar o Flash nativo do Chrome, ou usar um click-to-play, é bastante mais
seguro que ter simplesmente o Adobe Flash instalado.
Acontece que eu no OS X nem o Chrome instalei (tenho nas VMs de Linux).
Quanto ao AdBlock Plus... pode ser enganador. Já houve uma altura em que o ABP
apenas escondia os anúncios, não evitava o download, nem que os ditos fossem
executados.