Eu acho que se querem fazer a consulta, deviam poder fazer a consulta.
Nós em Portugal, consideramos-nos mais ou menos todos portugueses (isto das provincias, alentejanos, alfacinhas, minhotos, ribatejanos vale muito pouco no que ao sentimento de pertença diz respeito) mas para outros países, estas divisões regionais têm uma grande importância.
No entanto, acho que estas decisões de separatismo não deveriam ser tomadas apenas com base em UM referendo. O resultado da votação sofre de um grande enviesamento do contexto que se vive em cada momento (crise económica, terrorismo, partido político e políticos no governo central, etc), pelo que se podem tomar decisões precipitadas (veja-se o Brexit, em que este sentimento contra emigrantes foi exacerbado pelos recentes ataques terroristas).
Por isso acho que se devia fazer o referendo agora e passados 5 anos faria-se outro referendo para confirmar a 1ª decisão. Se o resultado das 2 votações fosse a independência, então ok, cumpra-se.
E façam-se à vida...