o mais fácil é passares na loja via verde. já fiz isso uma vez e é a forma mais rápida e fácil. não percas é o ticket da portagem. senão arriscas-te à multa de ter passado na via verde.
da minha experiência e se fazes um trajeto habitual como eu faço de AE sempre de carro com via verde, quando levo o carro sem via verde, é um desafio mental lembrar-me de parar à entrada para tirar ticket e mais ainda parar à saída para pagar.
tenho ideia que não preciso esperar 15 dias. de qualquer forma, quando tiver passado 10 a 12 dias ligas para lá para confirmar que já surge em sistema a tua passagem. depois vais a uma loja via verde, entregas o ticket e pagas o valor que teria a pagar nesse trajeto de auto-estrada + uma taxa administrativa de 2 euros ou 2,50 euros.... no meu caso era um trajeto de 40 cêntimos... problema resolvido.
situação pior e que também já me aconteceu é entrar na AE pela via verde sem ter identificador. aí, saí na portagem manual, paguei a multa (acho que é o dobro do trajeto para aquela saída AE). O que eles fazem, se fores cliente via verde como eu sou (e por isso me enganei pois passo lá sempre com o meu outro carro com via verde) é aceitar que lhes envies por correio o recibo de pagamento da multa na portagem, tem mesmo de ser por correio, pois eles precisam do recibo "físico" para eliminar e poder passar-te um novo, eles conferem no sistema vídeo onde entraste na AE e depois devolvem-te o valor da diferença por transferência bancária e mandam-te por correio o recibo correto o valor que pagaste. fiz isto tudo e demorou no máximo 2 semanas a ter o dinheiro na conta. na mesma foi no trajeto de 40 cêntimos, tinha pago 50 euros multa (acho eu) e devolveram-me a diferença do trajeto (49,60 euros), enviando para a minha morada, um recibo de pagamento dos 40 cêntimos.
este último feedback para dizer que enviando por correio ou por email eles respondem-te, mas eu preferia enviar por correio em vez de email. eles demoram mais a dar seguimento aos emails. no teu caso podendo ir à loja via verde, é a forma mais fácil e rápida de resolver o problema.