Ha uma coisa que se chama o ciclo biologico, essencial para o desenvolvimento de qualquer aquario. Não referiste se mudavas a agua totalmente ou parcialmente. Mas pelo que deste a entender penso que seja totalmente. Aí está uma coisa que não se deve fazer (no teu caso talvez seja a unica solução para resolver o problema). Primeiro que nada, tens de saber se as especies que vais juntar são compativeis. Não abusar na quantidade de peixes e flores. (Existem calculos que te indicam a quantidade que deves por, consoante o volume do aquario). A iluminação artificial do aquario, simula a iluminação que temos no dia a dia. Deves liga-la entre 8 a 10h no máximo. E evitar deixar o aquario perto de uma janela (como sabes, a luz é essencial na vida marinha, tanto para os peixes e flores.. mas o que é demais...). Existem sites que te aconselham a iluminação a usar para aquilo que queres fazer. Depois tens que ter um bom filtro, aquecedor e co2 caso tenhas muita planta.
Voltando ao ciclo biologico, e tirando a parte da iluminação excessiva que andas a dar, este ciclo deve ser sempre feito. Para começar, deves certificar-te que a tua agua é boa, (mais uma vez depende das especies que queres manter) senão existem testes e quimicos para alterar o estado da agua. Feito isto, deves encher o aquario e deixa-lo em repouso 1 ou 2 dias. Depois metes as plantas, e mantem-lo assim 1semanita.(cuidado com a quantidade plantas. Muita quantidade, irá exigir-te uma fonte de co2). Passada essa semana, começas a por os peixes, mas muito devagar. 1 peixe por semanae o que normalmente se aconselha (e de preferencia um peixe resistente á falta de condições á priori no aquario, senão desanimas logo). O que o ciclo biologico significa, é que vai criar bacterias no aquario para haver um equilibro este as especies. O filtro não dá conta de tudo. Ja que falo no filtro. Este possui uma esponja que nunca deve ser lavada com agua limpa, pois irá anular as bacterias que ja la estão. O aconselhado é lavares com agua do aquario ou mistura desta com agua limpa. Não é de maneira nenhuma aconselhavel mudar a agua total do aquario. Existem os TPA´S (troca parcialda agua), ou seja, em vez de removeres 100% da agua do aquario, de semana a semana fazes TPA de 20% do aquario.
Isto como é obvio é uma 'explicação' a despachar. Mas dá-te uma ideia de como se deve manter um aquario.
Para saberes com mais detalhe, visita os sites que te deram neste topico. E acrescento alguns:
http://www.aquariofilia.net/forum/
http://www.aquahobby.com/era_de_aquarios.php
http://www.fishprofiles.com/